La chiesa viene eretta tra il 1640 e il 1655, per volere del sacerdote Pietro Franzoni, su progetto dell'architetto Agostino Avanzi e sui resti di una precedente chiesa seicentesca, per accogliere una fedele riproduzione della Santa Casa di Nazaret, custodita nel Santuario della Madonna di Loreto. Vista la crescente espansione del culto mariano e le numerose elargizioni dei fedeli, nel 1730 l'edificio è sottoposto a importanti rifacimenti, economicamente assecondati dalla popolazione. Si commissiona, allo scultore Calegari, un nuovo altare maggiore in marmo, dove al centro si posiziona un affresco della Madonna della Carità affiancato da due statue di Dionigi Cignaroli. Negli anni successivi le pareti vengono affrescate da Giuseppe Orsoni e la cupola da Ferdinando Cairo e Luigi Vernansal, mentre la facciata viene ornata con due statue di Antonio Ferretti e Alessandro Calegari, realizzate nel 1747, raffiguranti un angelo con il modello della casa di Nazaret e un angelo con giglio. Le opere possono dirsi concluse nel 1755, con la posa del pavimento marmoreo ad intricati e policromi intarsi. Alla fine del XIX secolo la chiesa passa sotto la giurisdizione delle suore del Monastero del Buon Pastore. Dalla metà del XX secolo, con il trasferimento delle religiose a Mompiano, dipende dalla parrocchia del Duomo.

La chiesa di S. Maria della Carità, conosciuta anche come chiesa del Buon Pastore, prospetta lungo via Musei, con una caratterizzazione tipicamente barocca. La facciata, progettata nel 1744 dall'architetto Antonio Spazzi, è dominata dal colore ocra e coniuga perfettamente pittura e scultura, divisa in due ordini da lesene piatte e leggere con grande timpano triangolare al culmine. Nel registro inferiore si apre, al centro, il portale barocco con frontone ad arco spezzato e colonne in marmo egiziano, provenienti dalla ormai distrutta basilica di S. Pietro del Dom, affiancato da due nicchie affrescate da Enrico Albrici con la raffigurazione della Carità e della Giustizia. Il registro superiore mostra una conformazione simile con lesene dai capitelli corinzi e, in asse con il portale, un finestrone rettangolare, mentre alle estremità sono inserite due sculture di angeli. L'assetto interno si sviluppa con pianta ottagonale coperta da una grande cupola dipinta, tra il 1729 e il 1731, dal trevigliese Carlo Molinari, dal piemontese Ferdinando Cairo e dal francese Luigi Vernansal. Anche le pareti vengono decorate, tra il 1732 e il 1733, dai bolognesi Mauro Aldovrandini, Giuseppe Orsoni e Giacomo Antonio Boni. Il grande altare maggiore, in asse con l'ingresso, si mostra come un architettonico involucro entro cui è custodita la riproduzione della Casa Santa. Preziose anche le opere seicentesche conservate negli altari laterali, tra cui le pale di Antonio Gandino e di Francesco Paglia. Pregevole anche il polittico del maestro Paroto, datato 1447.

Organo Tonioli

Questo organo è stato costruito nel XIX secolo e modificato nei primi decenni del Novecento.

 Lo strumento, a trasmissione completamente meccanica, ha una tastiera di 58 tasti ed una pedaliera retta, non originale, con 27 pedali; le manette che comandano i vari registri sono collocate in tre colonne, due alla destra della consolle e una alla sinistra.